Francisco de Toledo nació en Oropesa (España) el 10 de julio de 1515. Sus padres fueron Francisco Álvarez de Toledo y María de Figueroa. A los 15 años entró al servicio del rey Carlos V. Luchó en las guerras de Argel e Italia. Posteriormente fue mayordomo de Felipe II.
En 1568 fue nombrado virrey del Perú. Al año siguiente llegó a Lima y realizó una Visita General para recabar información sobre el virreinato y organizarlo. Reguló las mitas, tributos y obrajes. Implementó las reducciones indígenas y ejecutó al rey inca Túpac Amaru I. También implantó la Santa Inquisición y reorganizó la Universidad de San Marcos.
Regresó a España en 1581. A su llegada, Felipe II lo recriminó por haber hecho matar a Túpac Amaru. Se retiró a la localidad de Escalona, donde murió el 21 de abril de 1582.